Blogger Themes

Please Click This Button Below To Read This Website In To Your Own Language

Sabtu, 30 April 2011

Epidemiologi Molekular Salmonella typhi, penyebab demam tioid asal wilayah endemik Kabupaten Sumba Barat Daya Nusa Tenggara Timur

Oleh : Charis Amarantini


Abstraksi     

Kabupaten Sumba Barat Daya merupakan daerah endemik tifoid dengan angka kesakitan diperkirakan mencapai 725/100.000 penduduk pertahun. Angka kesakitan tersebut melebihi angka kesakitan untuk rata-rata kejadian demam tifoid di daerah pedesaan Indonesia (358/100.000 penduduk), bahkan mendekati angka kesakitan untuk penduduk perkotaan (810/100.000). Selain angka kesakitan yang tinggi, informasi terkait dengan epidemiologi molekular penyakit ini belum diketahui. Dalam hubungannya dengan epidemiologi molekular, ketersediaan data yang akurat dan memiliki kemampuan diskriminatif tinggi sangat penting. Untuk itu perlu dilakukan kajian diversitas strain anggota S. typhi dengan pendekatan sistematik polifasik. Pendekatan ini sangat bermanfaat untuk mengetahui persebaran strain berdasarkan tipe dan hubungan antar strain sehingga dapat diketahui strategi pencegahan demam tifoid yang tepat.

Penelitian ini bertujuan untuk (1). Mengungkap diversitas strain anggota S. typhi yang berasal dari Kabupaten Sumba Barat Daya, NTT menggunakan pendekatan sistematik polifasik, (2). Mengetahui peta penyebaran S. typhi berdasarkan variasi dan hubungan antar strain hasil isolasi dari penderita demam tifoid di wilayah Kabupaten Sumba Barat Daya, NTT, dan (3). Mengetahui hubungan antara diversitas dan sebaran strain-strain anggota S. typhi di Kabupaten Sumba Barat Daya, NTT.

Pendekatan sistematik polifasik untuk mengkaji diversitas strain anggota S. typhi ditentukan berdasarkan analisis data fenotipik dan genotipik. Sifat fenotipik yang diteliti meliputi karakter biokimiawi sel menggunakan perangkat API20E- dan API 50CHB/E dan analisis profil protein menggunakan SDS-PAGE sedangkan data genotipik diperoleh dari sekuen gen 16S rRNA. Peta sebaran strain S. typhi berdasarkan hubungan similaritas dan hubungan kekerabatan antar strain anggota S. typhi dilacak melalui pemetaan lokasi tempat tinggal penderita dengan menggunakan alat bantu sistem navigasi satelit (Global Positioning System/ GPS).

Hasil penelitian menunjukkan bahwa diversitas strain anggota spesies S. typhi dan persebarannya melalui pendekatan sistematik polifasik secara jelas mampu menggambarkan pola distribusi ragam strain yang berada di Kabupaten Sumba Barat Daya, NTT. Strain S. typhi Biotipe I (D-xilosa +, L-arabinosa -) dominan terdapat di semua area sedangkan strain S. typhi Biotipe III (D-xilosa +, L-arabinosa +) hanya terdapat di Kecamatan Wewewa Timur.

Hasil analisis sistematik numerik fenetik memiliki tingkat resolusi diskriminatif sampai level strain dan dapat digunakan untuk klasifikasi strain anggota S. typhi. Empat klaster beranggotakan 17 strain terbentuk berdasarkan kemiripan karakter biokimiawi, 12 strain di antaranya dengan nilai indeks similaritas 94,9% mengelompok di klaster I, 4 strain dengan nilai indeks similaritas 94,5% mengelompok di klaster II, dan 2 strain sisanya terpisah sebagai anggota klaster III pada nilai indeks similaritas 92,8% dan IV pada nilai indeks similaritas 86,3%.

Seluruh strain membentuk pusat diversitas baru dalam spesies S. typhi berdasarkan profil protein dan memiliki kemiripan tipologis dengan karakter biokimiawi. Demikian pula untuk analisis filogenetik, seluruh strain membentuk suatu pusat keanekaragaman yang terpisah dengan strain acuan S. typhi ATCC 19430T. Empat clade terbentuk pada pohon filogeni dan beranggotakan strain dari berbagai wilayah geografis di Kabupaten Sumba Barat Daya, NTT.

Hasil analisis filogenetik sangat mendukung hasil identifikasi menggunakan pendekatan sistematik numerik fenetik. Dengan demikian, terbukti bahwa identitas strain yang diteliti berkerabat dengan S. typhi ATCC 19430T. Pemetaan berdasarkan posisi koordinat tempat tinggal penderita menggunakan GPS membuktikan tingginya diversitas strain di Kecamatan Wewewa Timur baik berdasarkan hubungan fenetik (similaritas) maupun hubungan filogenetik (kekerabatan). Dari wilayah ini diduga kuat terjadi penyebaran dengan pola seperti lima jari tangan menuju wilayah Wewewa Utara, Kota Waikabubak, Wewewa Selatan, Wewewa Barat, Kodi Bangedo, Kodi, Kodi Utara, dan Laura.


Nama                 :     Charis Amarantini
Judul disertasi     :     Epidemiologi Molekular Salmonella typhi, penyebab demam tioid asal wilayah endemik Kabupaten Sumba Barat Daya Nusa Tenggara Timur
Tanggal dan Waktu Promosi     :     29 November 2010


Sumber Berita : http://pasca.ugm.ac.id/id/promotion_view.php?dc_id=83









Comments
0 Comments

0 komentar:

Berita Yang Paling Banyak Dibaca

PESONA WISATA SUMBA

Visit Sumba Island, East Nusa Tenggara, Indonesia Slideshow: Go’s trip to Sumba was created with TripAdvisor TripWow!

Facebook MoripaNews Online

Tempat Wisata SBD